江苏省秦淮河水利工程管理处成立于1962年，是省水利厅驻宁唯一工程管理单位，财政差额拨款事业单位。现有在职职工143人、离退休职工112人，下设水文站和秦淮新河闸、武定门闸两管理所，拥有江苏省“333高层次人才”1名、全省水利系统“111人才”4名。目前，负责秦淮新河、武定门两座秦淮河流域大中型控制性水利枢纽的运行管理，承担秦淮河流域防洪减灾、抗旱灌溉、城市排涝、水环境改善、航运保障和石臼湖、固城湖管理与保护等任务。

近年来，在厅党组正确领导下，管理处举全处之力全面推进水生态文明建设，改革发展和现代化建设持续健康发展，2016年高分通过水利部水利工程管理单位考核验收，2017年被中央文明委授予“全国文明单位”荣誉称号、以优异成绩通过水利部组织的水利安全生产标准化一级单位考核验收，2018年努力探索特色生态治水之路，为秦淮河流域及南京城市经济社会健康发展提供重要支撑。